Clarkson sinh ở New Orleans, Louisiana, là con của Jackie Clarkson (nhũ danh Brechtel), một nhà chính trị New Orleans và ủy viên hội đồng thành phố, và Arthur Clarkson, một nhà quản lý trường học làm việc tại Khoa dược Đại học bang Louisiana.[1][2] Bà có bốn chị em gái. Clarkson học speech pathology tại Đại học bang Louisiana, sau đó chuyển sang Đại học Fordham ở Thành phố New York, nơi bà tốt nghiệp summa cum laude với tấm bằng kịch nghệ.[3] Sau đó bà có bằng thạc sĩ mỹ thuật tại Trường kịch nghệ Yale[4] trước khi đóng phim lần đầu trong The Untouchables năm 1987.